許多育齡女性在使用基礎體溫測量的方法評估排卵的情況，但是缺少對這種方法的正確認識。
基礎體溫看的是長期的變化趨勢，因為測量極易受到環境干擾，單看幾天的體溫波動不能明確其意義。基礎體溫測量的使用誤區主要是把基礎體溫用于預測排卵期和評估胚胎發育的情況。基礎體溫不能用于預測排卵期更不能完全決定性交的時機，更更不能用于懷孕后評估胚胎發育的情況。基礎體溫只能在你完整測量完一個周期后告訴你到底有沒有排過卵而已。
基礎體溫的測量要求
晨起測量、睡眠充足
基礎體溫測排卵方便、無花費，可以發現結核病的存在，方便自己測量。
臨睡前要把體溫表甩好，甩到36℃以下，放在一個干凈的杯子里，放在床頭早晨伸手可以勾到的地方。晚上要有充足的睡眠，至少達到6個小時，如果是夜班睡眠時間短或者熬夜，則影響基礎體溫的測量。睡醒后不要起床，不要說話，直接將體溫表含到口腔中，測量的過程中保持安靜，需要等待5分鐘后看結果。
基礎體溫測量的基本原理是排卵后女性體內開始產生孕激素，因為孕激素的作用，使女性的基礎體溫升高0.3~0.5℃。因此女性懷孕后體溫也是升高的。通常在排卵前女性的基礎體溫小于36.5℃，排卵后基礎體溫升高到36.5℃以上，但是不應當超過37.2℃。
如果在排卵前超過36.5℃，排卵后超過37.2℃要考慮有結核感染的可能，而盆腔結核有可能對子宮內膜和輸卵管造成損傷，而沒有其它癥狀。這種情況可以去當地防疫站花幾十塊錢進行結合抗菌素實驗。判斷是否有結核感染史。這種實驗很簡單，在前臂打一針疫苗就可以，三天后看局部的反應，可以判斷現在有沒有感染，過去有沒有感染過。
按周期記錄和測量
基礎體溫的測量我們要看的是趨勢而不是一兩天的數值，通常要求完整測量3個周期。然后做為“回顧性診斷”，所謂回顧性診斷就是完整測量3個周期后再翻過來看你的體溫變化情況，來評估你是否有排卵，而非測量過程中通過體溫的波動來預測你的排卵期以及性交時機。
基礎體溫測量的弊端就是只能了解是否有排卵，但是不能預測排卵時卵泡的大小程度，當時內膜的厚度。如果發生卵泡黃素化(即卵泡成熟但是最后沒有發生破裂排卵的情況)，基礎體溫依然會升高。
基礎體溫不是“萬能的”
基礎體溫測量不能用于評估胚胎發育的狀況。
當女性排卵后基礎體溫就會較排卵前升高0.3~0.5℃，如果女性懷孕，基礎體溫講持續處于高溫階段。但是基礎體溫不足以評估胚胎是否發育良好，是否發生停育。
有人誤解為體溫降低預示著胚胎已經停育，這是完全錯誤的，導致體溫升高不是因為胚胎的存活，而是因為懷孕后女性體內產生的孕酮。即使胚胎停育后人體也在產生少量的孕酮，因此即使發生胚胎停育基礎體溫也是升高的。
基礎體溫和流產的關系是，只有當胚胎完全排出，流產徹底結束后，基礎體溫才可能恢復到孕前的水平。因此不建議也從來沒有人建議過孕期婦女通過測量基礎體溫來評估胚胎發育的情況，這是完全沒有意義。
反而會因為基礎體溫的測量誤差或者外界環境因素的干擾，給孕婦帶來巨大的情感波動。基礎體溫看的是長期的變化趨勢而非一兩天的體溫波動。
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