慢性胃炎的病理變化是由于胃粘膜的損傷和修復這對矛盾所引起的，主要組織學特點是炎癥、萎縮和化生。胃粘膜層的病變，很少影響到粘膜下層。如炎癥長期不能控制，則可引起腺體破壞和腸化，由淺表性胃炎逐漸發展到萎縮性胃炎。病程長短不一，有報告淺表性胃炎可持續15～20年。相當多的患者是淺表性和萎縮性并存的，二者無嚴格的區分界限。當胃底腺完全萎縮，全部為化生性腺體替代，而胃竇粘膜尚屬正常者，稱為胃萎縮，見于A型胃炎發展為惡性貧血者。

　　慢性胃炎的組織學變化，開始時總是灶性的，且不同部位其嚴重度可以很不一致，甚至同一塊活檢標本中也不是均一的，此特點是胃鏡診斷和病理診斷有時不一致的問題所在。隨著病情發展，灶性病變擴大聯合成片，逐漸向口側發展。以上幾種病理變化胃竇的重于胃體，小彎側的重于大彎側。

　　當萎縮和腸化嚴重時，炎癥細胞浸潤反而有所減少，提示疾病趨于靜止，從治療角度看，胃粘膜的炎癥程度和活動性要比萎縮而無炎癥的胃粘膜重要得多。